A comarca da Madeira, com sede no Funchal, integra os tribunais judiciais de 1.ª instância da Região Autónoma (RAM), que se desdobram em instâncias:

— centrais de competência especializada (instaladas no Funchal):

- cível, criminal e do trabalho (a funcionar no edifício 2.000);
- de família e menores (a funcionar no Palácio dos Cônsules);
- de instrução criminal, de comércio e de execução (a funcionar no Palácio da Justiça).

— locais (de competência genérica, instaladas no Palácio da Justiça dos respetivos municípios):

- do Funchal, desdobrada em secção cível e secção criminal;
- da Ponta do Sol;
- do Porto Santo;
- de Santa Cruz;

— de proximidade: em S. Vicente.
 

A secretaria única da comarca — comum aos serviços judiciais e do Ministério Público (MP) —, tem núcleos em cada uma das instâncias, onde podem ser entregues petições, requerimentos, documentos, obtidas informações ou tratados quaisquer assuntos referentes aos serviços.

A comarca é gerida pelo Conselho de Gestão:

— presidido por Juiz Desembargador, que é também o Presidente do tribunal, com competências de representação e direção, de gestão processual, administrativas e funcionais;

— composto pelo Procurador-Geral-Adjunto coordenador, que também dirige e coordena o MP na comarca;

— e ainda pelo Administrador judiciário, que também dirige os serviços da secretaria, zela pelo uso e funcionamento dos equipamentos e executa o orçamento aprovado pelo Ministério da Justiça.
 

O Conselho Consultivo é composto por 13 elementos representativos de diversos setores da justiça, das autarquias locais e dos utentes da justiça.